稻曲病是晚稻的常见病害之一，主要危害谷粒，形成墨绿色或黄色粉团，不仅影响产量，更为严重的是污染稻谷，危害人身健康。
稻曲病主要在抽穗扬花期发生，气候条件、田间湿度、氮肥施用情况对病害发生轻重影响很大。晚稻抽穗扬花期如遇持续阴雨天气，将有利于病菌的侵染与繁殖，病害将发生重。田间湿度大，露重且上午露水干得迟的情况下发生较重。施用氮肥过量、过迟，叶片生长宽大而披垂，田间荫蔽，通风透光性差，稻株氮碳比失调，抗性下降，容易发病且程度加重。此外，水稻品种着粒密度对病害发生也有影响，一般着粒密的品种，谷粒上露水不易干，发生重而普遍，而着粒稀的品种，谷粒上结水时间较短，通常发生较轻或发生时间偏晚。杂交稻因其生长旺盛，叶色浓绿、郁闭且开花时颖壳张开时间稍长，有利于病菌入侵，发生程度要重些。
稻曲病虽以抽穗扬花期易发生，但据研究，最早在孕穗后期就可侵入穗苞。同时结合稻曲病发生危害的各种因素，生产上可从以下几方面着手防治。
1.选用抗病品种：水稻不同品种对稻曲病的抗性不同，根据各地的情况选择种植抗性强的品种。
2.种子消毒：稻曲病可通过种子传播，应尽量不用已染病的稻种。浸种时用500倍强氯精液浸种消毒10-12小时，或播种前每100kg种子用15%粉锈宁可湿性粉剂300-400克拌种。
3.加强田间水肥管理，促生长健壮。水稻生长期间应合理施肥，增施磷、钾肥，促生长稳健，增强抗性；尤其要慎重施用氮肥，避免氮肥施用过量、过迟，以免贪责晚熟，招致病害。推广薄露灌溉技术，孕穗后期注意田间水管，勿大水漫灌、长期淹水，宜浅水勤灌，以免田间湿度过大，有利于病菌孢子的萌发与入侵。
4.药剂防治：掌握在孕穗末期用药。
①在破口前5-7天亩用30%爱苗乳油15毫升＋奇茵植物基因活化剂20克兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。
②破口前5-7天亩用25%富力库（有效成分为25%戊唑醇）25毫升＋奇茵植物基因活化剂20克兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。
③破口前5-7天亩用5%井冈霉素水剂500毫升兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。
④破口前5-7天亩用20%三唑酮乳油100毫升或25%粉锈宁（三唑酮）可湿性粉剂100克＋40%多菌灵悬浮剂100毫升或50%多菌灵可湿性粉剂100克兑水60斤喷雾。破口抽穗1/3-1/2时再喷一次。